El Museo de La Salle Bogotá se encuentra ubicado en la sede La Candelaria de la Universidad de La Salle, declarada bien de interés cultural de carácter distrital o inmueble de conservación arquitectónica categoría B de acuerdo con el Decreto 678 de octubre de 1994. La sede es la herencia de la arquitectura asociada a la obra de los Hermanos de las Escuelas Cristianas en el país quienes desde 1893 se desplazaron a Bogotá para desarrollar su misión educativa.

La primera sede del Museo de La Salle fue el segundo piso de la Escuela San Víctor, anexa al Instituto de La Salle e inaugurada en 1910, en un edificio independiente, sobre la calle del Espinito (calle 11). Este edificio, junto con el del Instituto, sufrió la destrucción por el incendio del 10 de abril de 1948 y tan sólo la Iglesia de la Santa Cruz, construida en 1934, y el edificio donde actualmente funciona el Museo, construido en 1940, sobre la Calle del Calvario (Calle 10), se conservaron.

El fundador del Museo, Hno. Apolinar María (Nicolás Seiller), rector del Instituto entre 1910 y 1914, fue el director del Museo de La Salle desde sus orígenes en 1904 hasta 1949, fecha en que murió, prácticamente de pena moral al ver casi totalmente destruida se obra realizada durante décadas por causa del incendio del Instituto de La Salle en los nefastos acontecimientos del “Bogotazo” en 1948.

En los comienzos del Museo, entendió claramente el Hno. Apolinar María que las colecciones necesitaban ser objeto de investigación, de debate y de difusión. Para ello convocó a los interesados del Instituto y luego a los estudiosos de las ciencias de la ciudad, para conformar un grupo de estudio, que dos años después de haber sido fundado el Museo, se constituyó en la Sociedad Colombiana de Ciencias Naturales, que buscaba, no sólo el estudio de las ciencias, sino las relaciones que ellas tienen con la industria y el comercio del país.

Pero este paso tan importante necesitaba de divulgación y un año más tarde (1913) aparece, el primer número del Boletín de la Sociedad Colombiana de Ciencias Naturales en donde se daba a conocer los resultados de las investigaciones, las descripciones de las excursiones, el uso de plantas útiles y las riquezas en recursos minerales. Copias de estos boletines reposan en el Centro de Documentación del Museo.

La magnífica labor realizada y los aportes dados al estudio de las ciencias hicieron que 21 años después, esta sociedad científica diera paso a la Academia Colombiana de Ciencias Exactas Físicas y Naturales de Colombia en donde los hermanos Apolinar, Nicéforo y Daniel fueron miembros.

El Hno. Nicéforo María, zoólogo y colector incansable, llegó a Colombia también en 1904, pero fue destinado a prestar sus servicios en el Colegio San José de Medellín y allí fundo en 1913 un Museo que aún existe y se encuentra al cuidado del Instituto Técnico Metropolitano de Medellín (ITM). A él le corresponde la difícil tarea de recuperar y restaurar lo que se salvó del incendio, guardarlo cuidadosamente en un amplio salón del nuevo edificio del Instituto y continuar en sus labores de colecta, investigación y publicación.

Para colaborar con el Hno. Nicéforo, es trasladado a Bogotá en 1975 el Hno. Daniel, por ese entonces Director del Museo en Medellín. Era un gran conocedor de la mineralogía colombiana, de la botánica y la homeopatía. Al morir el Hno. Nicéforo en 1980, asume la dirección del Museo y le corresponde la organización de las colecciones y la exposición en la sede actual que es inaugurada en 1984.

En la última década del siglo XX y lo corrido del XXI los Hermanos Roque Casallas y José Edilson Espitia dirigen el Museo contando con la ayuda de la Universidad de la Salle, que recibe por contrato de comodato el museo y es su actual administradora.

En la actualidad el Museo está adscrito al Departamento de Ciencias Básicas, cuenta con el apoyo valioso del Programa de Biología y es su Director el Profesor Fernando Sarmiento Parra.